全基因組分析相關論文文獻

　　全基因組分析在農作物、生物醫學領域應用是比較廣泛的，農作物、生物基因研究人員晉升職稱會發表相關的論文，為此學術顧問在這里推薦了幾篇全基因組分析相關論文文獻，發表論文的人員可作為參考：

　　文獻一、滬農靈芝1號全基因組分析和演化比較

　　摘要對"滬靈芝"(Ganoderma lucidum SH)等23個真菌物種進行全基因組系統發生分析,進一步選取其中具有代表性的物種進行比較基因組學分析。全基因組系統發生分析和分子鐘估計結果顯示,滬靈芝分化時間(8.75百萬年前)明顯晚于靈芝屬分化時間(180百萬年前);基因家族尺寸和直系同源基因數目分析顯示,與另外參試靈芝菌種相比滬靈芝基因家族具有一定的收縮趨勢;進一步對基因家族數目進行比較的結果顯示,滬靈芝逆轉錄酶家族發生了顯著擴增。GO功能分析提示滬靈芝逆轉錄酶家族的功能富集主要為核酸結合功能和酶的催化活性。

　　出處《食用菌學報》 CSCD 北大核心 2016年第2期1-5,19,共6頁

　　關鍵詞靈芝 全基因組分析 分子鐘 基因擴增 GO功能分析

　　文獻二、歐洲山楊bHLH轉錄因子家族全基因組分析

　　摘要為了研究歐洲山楊中bHLH轉錄因子家族成員的分類和進化,分析其在干旱脅迫應激中可能行使的功能,本研究利用多種生物信息學手段從全基因組水平鑒定和解析歐洲山楊bHLH轉錄因子,并對干旱脅迫下的歐洲山楊根部轉錄組進行分析.結果顯示,歐洲山楊的基因組中有167個bHLH轉錄因子家族蛋白.通過與擬南芥bHLH蛋白序列進行系統發育分析將其分為15個亞家族,并推測出39個PtbHLH的功能,這些功能表明bHLH轉錄因子家族涉及到歐洲山楊生長發育的多個生理過程.基因結構和motif分析顯示,同一亞家族中幾乎所有的PtbHLH都有相似的外顯子/內含子排布和蛋白質motif結構.此外,利用RNA-seq數據分析干旱脅迫處理下PtbHLH基因的表達情況,篩選出4個潛在的bHLH抗旱蛋白.

　　關鍵詞歐洲山楊 BHLH 轉錄因子 全基因組分析

　　文獻三、貝萊斯芽孢桿菌Mr12預防蘋果輪紋病等病害的潛力及其全基因組分析

　　摘要【目的】探究新疆野蘋果內生貝萊斯芽孢桿菌Mr12對多種植物病害的生防潛力,明確其抑菌活性物質穩定性、抑菌作用表現和抑菌物質遺傳基礎,為生防制劑開發利用提供依據。【方法】采用平板對峙法測定菌株Mr12對6種供試植物病原菌的抑制作用。以蘋果輪紋病菌(Botryosphaeria dothidea)為供試病原菌,測定Mr12無菌濾液抑菌穩定性及無菌濾液對蘋果輪紋病菌孢子萌發和菌絲生長的影響;利用3代測序平臺Nanopore測定Mr12的全基因序列,通過BLASTX比對注釋所含基因,預測分析菌株Mr12抑菌作用的遺傳基礎。【結果】菌株Mr12對6種供試植物病原菌均具有抑制作用,抑制率在55%~91%。該菌株無菌濾液在pH 4~10范圍內抑菌活性穩定,對酸堿的耐受范圍廣;對紫外線照射和蛋白酶K不敏感,80℃以內具有較強的熱穩定性。Mr12無菌濾液可使蘋果輪紋病菌菌絲膨大畸形,抑制菌絲生長和孢子萌發。通過全基因序列信息分析,發現Mr12含有合成difficidin、fengycin、bacillibactin、surfactin等多種肽聚糖和聚酮糖類抗性化合物的基因簇,以及能夠降解病原菌細胞壁的β-1,3-葡聚糖酶和幾丁質酶相關的基因。【結論】菌株Mr12對多種植物病原物具有廣譜拮抗作用,抑菌物質穩定性高,具有產生多種肽聚糖和聚酮糖類抗性化合物和細胞壁水解酶的能力。

　　關鍵詞蘋果 內生細菌 抑菌廣譜性 貝萊斯芽孢桿菌 全基因組分析 抑菌穩定性 抗菌機制

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